Absolwent wydziału operatorskiego WFiTV w Łodzi. Zadebiutował filmem “Złote runo” Andrzeja Kondratiuka w 1996 roku.Michałkowski jest również autorem zdjęć do filmu Dariusza Jabłońskiego “Fotoamator”, filmu dokumentalnego nagradzanego na najważniejszych festiwalach filmów dokumentalnych. Jest autorem zdjęć do ponad 30 filmów dokumentalnych.